Neue Antwort basierend auf dem folgenden Kommentar:

Nach meinem Verständnis besteht Methode 1 darin, R-Code und HTML oder LaTeX im selben Dokument zu mischen, beispielsweise mit Sweave oder Brew , um ein endgültiges Dokument zu erstellen, während Methode 2 darin besteht, R-Code zum Generieren von HTML oder LaTeX zu verwenden, beispielsweise mit den Paketen R2HTML oder Hmisc, und dann einfach den R-Code auszuführen, um das endgültige Dokument zu erstellen. Ich habe meistens nur Methode 1 verwendet, werde aber trotzdem wiegen.

Aus meiner Sicht ist es wirklich nur eine Frage der Präferenz. Ich sehe keinen technischen oder statistischen Grund, einen dem anderen vorzuziehen. Sie sind beide Möglichkeiten, um Ihre Forschung reproduzierbar zu machen.

Ich denke, Methode 1 ist einfacher, da Sie nicht wissen müssen, welche R-Funktionen den LaTeX- oder den HTML-Code erstellen. Sie schreiben einfach R-Code und Sie schreiben HTML- oder LaTeX-Code, und die Software kümmert sich um deren Zusammenstellung. Dies gilt insbesondere dann, wenn die R-Ausgabe nur einen kleinen Teil des endgültigen Dokuments ausmacht. Es wäre beispielsweise mühsam, den R-Code zu schreiben, der für die Ausgabe von viel Text erforderlich ist. In intelligenten Texteditoren erhalten Sie auch die richtige Syntaxformatierung für jede Art von Code, die Sie bei Verwendung von R2HTML oder Hmisc nicht erhalten. Diese Methode trennt meiner Meinung nach auch die Ergebnisse sauberer vom Kommentar.

Für kurze Ausschnitte oder die Ausgabe der Ergebnisse aus einem Befehl ohne Kommentar ist die Verwendung von R2HTML oder Hmisc jedoch möglicherweise einfacher ( Aus meiner Erfahrung), wenn Sie einmal die Gewohnheit haben zu schwenken, werden Sie nie mehr zurückkehren.

Dies sind nur einige Punkte.

• Wenn Sie nur einfache Berichte schreiben möchten, ist der Satz an LaTeX-Befehlen, den Sie lernen müssen, viel kleiner als wenn Sie dies möchten komplexe Dinge.
• Ein ansprechender Aspekt von LaTeX gegenüber einigen einfachen Markup-Systemen ist, dass diese Funktionen verfügbar sind, wenn Sie Funktionen wie Referenzierung, automatische Nummerierung, mehrseitige Tabellen und attraktive Texteinstellungen wünschen. Insbesondere gab es Funktionen, an die ich anfangs noch nicht einmal gedacht hatte, aber wenn ich sie brauchte, waren sie in LaTeX als Paket verfügbar.
• Wenn Sie Ihren Abschlussbericht in einem anderen Format wünschen Format wie HTML oder RTF, dann können Sie verschiedene Konvertierungsprogramme wie Pandoc verwenden, um den Latex in dieses Format zu konvertieren.

Das andere schöne an LaTeX oder einem anderen Markup im Sweave / odfWeave / asciiWeave-Paradigma ist, dass Sie es für wiederholte Berichte einmal etwas besser vorlegen und dann einfach wiederverwenden können. Siehe Harrells Berichtspaket als Beispiel

Sie können beides ziemlich sicher verwenden - obwohl ich gestehe, dass ich beides überhaupt nicht benutze. Ich vermute, der Hauptgrund für die Beliebtheit der LaTeX / Sweave-Methode ist die Anzahl der Felder, die LaTeX als primäres Papier- / Präsentations- / Manuskriptformat verwenden, das Anreize für die Verwendung eines LaTeX-basierten Systems bietet. Ich kenne kein einziges Feld, in dem ein HTML-Endprodukt so direkt nützlich ist.

Der Grund, warum Option 1 so häufig ist, ist, dass ... es so häufig ist. Sweave gibt es seit fast 10 Jahren und ist für viele R-Benutzer ein Synonym für reproduzierbare Forschung. Darüber hinaus sind die Leute, die den Ausdruck "reproduzierbare Forschung" hören und denken, "das klingt großartig", wahrscheinlich bereits mit LaTeX vertraut. Daher ist es nicht so, als würden sie zwischen zwei Optionen wählen, da viele nicht wissen, dass Option 2 überhaupt existiert.